Podczas II wojny światowej oddziały partyzanckie NSZ musiały walczyć nie tylko z okupantem niemieckim, ale i z bandami partyzantów rosyjskich, które zajmowały się mordowaniem polskich patriotów, oraz bandami kryminalistów terroryzujących polską prowincję. Walki z badami terroryzującymi Polaków często są dziś nazywane przez środowiska wrogie polskim patriotom mianem mordowaniem Żydów czy kolaboracją z nazistami.

Krytycy zarzucają NSZ, że nie chciały podporządkować się AK. Przyczyn, dla których NSZ nie chciał się podporządkować Armii Krajowej, było wiele. Po pierwsze AK tworzona była przez sanacje skompromitowaną likwidacją demokracji, parlamentaryzmu, wolności słowa, odpowiedzialną za klęskę wrześniową (wynikającą ze zniszczenia polskiej armii), terrorem politycznym wobec narodowców (ale też wobec ludowców i socjalistów), zamykaniem w więzieniach i bandyckimi napadami na krytyków reżimu, pauperyzacje i korupcje, przynależnością do masonerii i innych okultystycznych stowarzyszeń.

Drugą przyczyną, dla której NSZ nie chciała się podporządkować AK, było to, że Armia Krajowa miała zbrodniczo irracjonalny stosunek do Rosji sowieckiej. AK uznawała Rosjan za sojuszników, NSZ za wrogów, których celem jest zniszczenie Polski i Polaków. Historia przyznała niezwykle szybko racje NSZ.

Rzekomym dowodem, według środowisk krytycznych wobec polskiego patriotyzmu, na kolaboracje NSZ z nazistami ma być los Brygady Świętokrzyskiej NSZ. Zarzut ten jest niedorzeczny, bo nie dość, że Brygada Świętokrzyska wyzwoliła niemiecki nazistowski obóz koncentracyjny w Holiszowie, ratując setki więźniarek przed śmiercią (w tym kilkaset Żydówek) to faktu, że młodzi Polacy umówili się z młodymi Niemcami, że nie będą się zabijać w obliczu nadejścia Rosjan, który mordowali Polaków i Niemców, czy korzystania z logistyki niemieckiej przez NZS w celu skutecznego likwidowania rosyjskich bandytów mordujących Polaków, trudno uznać za wspieranie nazistów. Kontakty z Niemcami były niezbędne, by uratować tysiące żołnierzy Brygady Świętokrzyskiej NSZ, którzy z racji na swój patriotyzm zostaliby zabici przez nowego rosyjskiego okupanta ziem polskich, gdyby nie przeprowadzono ewakuacji Brygady na zachód. Taka postawa była niewątpliwie o wiele bardziej sensowna niż zbrodnicza i bezsensowna decyzja dowództwa AK o wysłaniu na rzeź bezbronnych młodych Polaków w ramach akcji Burza do walki z Niemcami, która kończyła się ujawnieniem tych Polaków wobec nowego rosyjskiego okupanta, który ich po tym mordował, jeżeli przeżyli walkę z Niemcami.

NSZ odwoływał się politycznie do myśli do ONR ABC, powstał w wyniku rozłamu w Narodowej Organizacji Wojskowej. NSZ uznawał rząd emigracyjny. NSZ stworzyły takie organizacje jak: Organizacja Wojskowa Związek Jaszczurczy, część Narodowej Organizacji Wojskowej, Polski Obóz Narodowo-Syndykalistyczny, Narodowa Konspiracja Niepodległości, Narodowo-Ludowa Organizacja Wojskowa, Zbrojne Pogotowie Narodu, Zakon Odrodzenia Polski i Legion Unii Narodów Słowiańskich, jak również część członków Bojowej Organizacji "Wschód", Korpusu Obrońców Polski, Konfederacji Zbrojnej, Polskiej Organizacji Zbrojnej, Organizacji Wojskowej "Wilki", Związku Kobiet Czynu, Polskich Wojsk Unijnych, Młodego Nurtu i Załogi Partyzantów Wojskowych, a także niektórzy żołnierze Armii Krajowej. NSZ uznawali za wroga Niemców i Rosjan (o czym AK nie chciała mówić), chcieli przyłączyć ziemie zachodnie do Polski, likwidowali komunistycznych bandytów dokonujących przestępstw kryminalnych (AL, GL, sowieckich partyzantów)

W czarnej legendzie NSZ nie mieszą się niezwykle interesujące fakty o tej organizacji. NSZ miały rozbudowany i zaskakująco skuteczny wywiad, który działał w kraju, ale i w Europie Zachodniej (szczególnie w Niemczech gdzie agentura aliantów była wyjątkowo uboga). Z wiadomości zdobytych przez wywiad NSZ korzystały alianci i AK. Niemcy uznali zagrożenie ze strony wywiadu NSZ za tak istotne, że stworzyli specjalną jednostkę „Sonderkommando SJ” w celach kontrwywiadowczych, której zadaniem było zwalczanie wywiadu NSZ.